nom du program: licence en biotechnologie végétale

département du sciences de la nature et de la vie

Semestre : 5
Unité d’enseignement Fondamentale 1 (UEF 3.2.1)
Matière 1: Evolution des génomes et diversité des plantes cultivées
Crédits : 4
Coefficient : 2
Objectifs de l’enseignement Cette unité est complémentaire à la précédente. Elle
s’articule autour des aspects structuraux et des mécanismes génétiques et moléculaires
mis en œuvre pour l’expression des gènes chez les bactéries, les micro-organismes
eucaryotes et les virus. Des connaissances fondamentales seront acquises sur
l’organisation et le fonctionnement du génome microbien et la capacité de comparer
avec celui des eucaryotes supérieurs (humain).
Connaissances préalables recommandées (descriptif succinct des connaissances
requises pour pouvoir suivre cet enseignement – Maximum 2 lignes).
Cette unité nécessite en particulier des connaissances de microbiologie générale, mais
également des connaissances en génétique, biochimie structurale et virologie.
Contenu de la matière :

Approche systématique
1.1. Morphologie
1.2. Taxonomie
1.3. Histoire des classifications et classification phylogénétique actuelle.
Les principaux groupes des plantes cultivées
2.1. Caractères généraux
2.2. Description
2.3. Phytogéographie et usages.
Les algues
3.1. Systématique
3.2. Morphologie
3.3. Usages.
Analyse phylogénétique de la diversité des espèces
4.1. Evolution, adaptation et sélection naturelle.
4.2. Espèce biologique et espèce phylogénétique.
4.3. Spéciation et population isolée d’une espèce.
4.4. Hybridation ou recombinaison d’espèces, endosymbiose et spéciation.
4.5. Graphes, réseaux et arbres.
4.6. Test de la robustesse d’un arbre.
4.7. Similarité et homologie des caractères discrets morphologiques et moléculaires.
4.8. Codage et pondération des caractères.
4.9. Les principes de parcimonie et de maximum de vraisemblance.
4.10. Fondements cladistiques des systématiques actuelles intégrant données
morphologiques et moléculaires.
Analyse de la diversité génétique d’une espèce
5.1. Notion de marqueur génétique.
5.2. Propriétés et différents types de marqueurs génétiques.
5.3. Polymorphisme de l’ADN au sein d’une espèce et marqueurs moléculaires.
5.4. Les différentes catégories de marqueurs moléculaires.
5.5. Application au génotypage d’individus, à l’analyse de la biodiversité d’une
population ou d’une espèce et à la conservation de la diversité génétique d’une espèce.
Mode d’évaluation :
Contrôle continu et Examen semestriel
Références (Livres et polycopiés, sites internet, etc) :
JR. Harlan, 1987. Les plantes cultivées et l’homme. Ed. CILF / ACCT, 446 pages
Frank Samouelian, Valérie Gaudin, Martine Boccara. 2009. Génétique moléculaire des plantes. Ed.
Quae. 207 p.
3.Denis Tagu , 1999. Principes des techniques de biologie moléculaire. Ed. INRA, Paris, 135 P.
Unité d’enseignement fondamentale 1 (UEF 3.1.1) :
Matière 2: Génétique quantitative et dynamique des populations
Crédits : 6
Coefficient : 3
Objectifs de l’enseignement (Décrire ce que l’étudiant est censé avoir acquis comme
compétences après le succès à cette matière – maximum 3 lignes).
Introduire les concepts clés en génétique des populations et maîtriser les formalisations
de base.
Connaissances préalables recommandées (descriptif succinct des connaissances
requises pour pouvoir suivre cet enseignement – Maximum 2 lignes).
Cette unité nécessite en particulier des connaissances en génétique, et en biostatistiques.
Contenu de la matière :
Diversité génétique : définition, outils et paramètres
Modèles de base
Forces évolutives : mutation, migration, dérivé, sélection
Impact des régimes de reproduction
Génétique des populations microbiennes
Introduction à la génétique quantitative
Mode d’évaluation : Contrôles continus et examens semestriels
Références (Livres et polycopiés, sites internet, etc).
 Harry M., 2001- Génétique moléculaire et évolutive. Ed. Maloine.
 Hartl D.L., 1994- Génétique des Populations. Ed. Flammarion.
 Henry C., 2001- Biologie des populations animales et végétales. Ed. Dunod.
 Henry J.P. et Gouyon P.H., 2003- Précis de Génétique des Populations. Ed.
Dunod.
Unité d’enseignement fondamentale 1 (UEF 3.1.1) :
Matière 3 : Interactions Plantes Environnement/Microorganismes
Crédits : 8
Coefficient : 5

Objectifs de l’enseignement (Décrire ce que l’étudiant est censé avoir acquis comme
compétences après le succès à cette matière – maximum 3 lignes). Cette matière vise à
mettre en relief les facteurs environnementaux et leurs actions sur le végétal à travers
les différents types de stress, étudier aussi l’aspect moléculaires et cellulaires entre la
plante et les différents microorganismes
Connaissances préalables recommandées (descriptif succinct des connaissances
requises pour pouvoir suivre cet enseignement – Maximum 2 lignes). Chimie organique,
biologie végétale
Contenu de la matière
Première partie : Aspects moléculaires et cellulaires des réponses de plantes aux
changements des conditions environnementales :
 Stress hydrique
 Stress saline
 Stress aux rayons UV-B,
 Stress oxydant,
 Stress aux métaux lourds
 Stress aux herbicides.
Deuxième partie : Aspects moléculaires et cellulaires des interactions entre les plantes
et différents microorganismes
 Mycorhizes
 Rhizobium
 Agents pathogènes
 Phytopathologie.
Travaux dirigés : Dosage des sucres, proline
Travaux pratiques : Appliquer des stress en serre sur les plantes et suivre les
effets sur le développement végétale
Travail personnel ; étudier et traiter des articles sur les symptômes de stress et son
effet sur le végétal
Mode d’évaluation : Contrôle Continu + Examen final
Références:
1- F. Baluška (ed.), Plant-Environment Interactions, Signaling and Communication in
Plants. Springer-Verlag Berlin Heidelberg 2009. 308 pages.
2- R. Sunkar (ed.), Plant Stress Tolerance, Methods in Molecular Biology 639. Springer
Science+Business Media, LLC 2010. 386 pages.
3- D. Brochard. SOS plantes. Sélection du Reader’s Digest. Paris. 2002. 160 pages.
4- D. Thangadurai, Wei Tang, Song-quan Song. Plant Stress And Biotechnology”
Oxford Book Company, Jaipur. 2007. 336 pages.
Unité d’enseignement méthodologique (UEM1)
Matière 1: Phytochimie et valorisation industrielles des productions végétales
Crédit : 5
Coefficient : 3
Objectifs de l’enseignement :
Cette formation vise à maîtriser les techniques d’extraction, d’analyse et de synthèse des
molécules naturelles, elle permet aux étudiants d’acquérir des compétences pour
s’inscrire dans des formations de spécialité dans les domaines de la pharmacologie et de
la cosmétique
Connaître les principales familles structurales des métabolites secondaires d’origine
naturelle, leur biogenèse et les relations structure-activité majeures associées à ces
dernières et leur valorisation industrielle
Connaissances préalables recommandées : Chimie, Biochimie
Contenu de la matière :

1 – Métabolisme secondaire

Aperçu sur les différentes voies biosynthétiques,
2 – Ingénierie métabolique
Etude des métabolites secondaires d’intérêt alimentaires pharmaceutiques ou
cosmétiques et leurs utilisations en industries
Technologie de fabrication des produits cosmétiques (Aperçu sur la fabrication
des différents produits savon, shampoing, crème,)
Travaux pratiques : Initiation à la fabrication du savon parfumé ou champoing etc.
Travaux dirigés : recherche sur le net les méthodes classiques et modernes sur
l’ingénierie des métabolites
Travail personnel : visite de certaines entreprises de fabrication de cosmétiques
et établir un rapport
Mode d’évaluation : contrôles de connaissances et contrôles continus
Références (Livres et polycopiés, sites internent, etc)
Ffem (2002), biodesa-bolivie : conservation et valorisation de la biodiversité végétale du
département de cochabamba, paris,Ffem
Nuzzo, v. (2004), la valorisation de substances naturelles vegetales. une approche
socioeconomique et institutionnelle d’un cas bolivien (departement de cochabamba),
memoire de recherche pour le diplôme du dea, universite d’orleans,
Unité d’enseignement méthodologique (UEM1)
Matière 2 : Nutrition du végétal
Crédit : 5
Coefficient : 3
Objectifs de la matière ; l’étudiant apprend a connaitre les besoins des végétaux en
éléments minéraux et organiques et les voix de leurs biosynthèse
Connaissances préalables recommandées : Chimie Organique, Ecologie générale
Contenu de la matière
1) Introduction, milieux nutritifs, les différents types de sol, les milieux aqueux
2) La composition organique et inorganique des plantes
3) Les aspects biologiques de la nutrition des plantes
4) Les mécanismes d’absorption des sels et des éléments minéraux
5) Les facteurs influençant l’absorption des sels et des éléments minéraux
6) Rôle des éléments minéraux dans la nutrition des plantes ( les éléments majeurs,
les éléments mineurs et les oligo-éléments)
7) Etats de carence des éléments minéraux et traitement de carences
Travaux pratiques : Mise en évidence de l’absorption de l’ eau et des solutés dans la
cellule végétale
Travail personnel : Préparer des rapporte sur la carence et la toxicité des végétaux en
minéraux, l’étudiant est sensé faire une recherche bibliographique
Mode d’évaluation examen et interrogation
Travail personnel, contrôle continue et examen final.

Références bibliographiques :

Heller. (1995) : Physiologie végétale (développement). Ed. Masson.
Hopkins. (2003) : Physiologie végétale. Ed. De Boeck and Larcier S.A.
Mazliak P. 2001 : Physiologie végétale. Cours et TP.
Morot-Gaudry JF (1997) : Assimilation de l’azote chez les plantes/ INRA Paris.
Morot-Gaudry. (2012) : Biologie végétale : Croissance et développement. 2ème
édition, Ed. Dunod.
Peter J.Lea (1999) Plant biochemistry and molecular biology. Ed. John Wiley and
Sons.
Sinha.K .R. (2004): Modern Plant Physiology. Ed. Alpha Science International Ltd
Unité d’enseignement Transversale (UET)
Matière 1 : Anglais scientifique.
Crédit : 2
Coefficient : 1
objectifs : Le cours vise à développer les aptitudes des étudiants à la pratique orale de
l’anglais scientifique, notamment la prise de notes et l’intervention lors d’exposés .
Connaissances préalables : anglais

Contenu de la matière
-Traitements des articles scientifiques portant des résultats expérimentaux en anglais

traduction d’articles scientifiques en langue française vers l’anglais et aussi faire la
traduction inverse du français vers Anglais
Travaux dirigés : Ecrire des articles en anglais ou traduire des articles
Travail personnel : Lecture des livres ou documents
Mode d’évaluation Examen continu
Semestre : 6
Unité d’enseignement Fondamentale 1 (UEF 3.2.1)
Matière1 : Biologie du développement végétal
Crédit : 8
Coefficient : 5
Objectifs de l’enseignement :
Comprendre les bases moléculaires, métaboliques et physiologiques des principaux
processus du développement des végétaux (dormance, germination, développement
racinaire, fonctionnement du bourgeon, floraison).
Connaissances préalables recommandées :
Physiologie moléculaire et cellulaire
Contenu de la matière :
 Concepts généraux en développement.
 Les grandes étapes de l’acquisition des plans d’organisation (la croissance des
Angiospermes: méristèmes, cambiums et histogenèse).
 Aspects fondamentaux du développement reproducteur chez les plantes à fleurs :
gamétogenèse, fécondation, embryogenèse.
 Contrôle physiologique (hormonal) du développement végétal.
 Régulation génétique du fonctionnement méristématique et du développement
végétal (cas de la fleur).
 Mort et sénescence cellulaires (morts programmées, sénescence de feuille).
 Modèles d’étude et techniques utilisées en génétique du développement végétal.
 Analyse d’articles, caractérisation moléculaire de gènes du développement.
Travaux pratiques : établir une germination de différentes graines et étudier l’ effet
des hormones
Travail personnel : Recherche bibliographique sur les différents types des milieux de
culture

Mode d’évaluation : contrôles de connaissances et contrôles continus
Références:
1- Daphne J. Osborne & Michael T. Mcmanus . Hormones, Signals and Target Cells
in Plant Development. Cambridge University Press. 2005. 254 pages.
2- William G. Hopkins. Plant development. (The green world). by Infobase
Publishing. 2006. 151 pages.
3- Marie-José Feller-Demalsy. Les plantes à graines – structure, biologie,
developpement. 1990. 335 pages.
4- Kent J. Bradford and Hiroyuki nonogaki. Seed Development, Dormancy and
Germination. Blackwell Publishing Ltd 2007. 367 pages.
5- María F. Suárez & Peter V. Bozhkov. Plant Embryogenesis. Humana Press,

184 pages.
Unité d’enseignement Fondamentale 1 (UEF 3.2.1)
Matière 2 : Multiplication végétative et biotechnologies
Crédits : 8
Coefficient : 5
Objectifs de l’enseignement (Décrire ce que l’étudiant est censé avoir acquis comme
compétences après le succès à cette matière – maximum 3 lignes).
.
Maîtrise et exploitation expérimentale des différents aspects de biotechnologie végétale
dans les programmes de la production végétale.
Connaissances préalables recommandées (descriptif succinct des connaissances
requises pour pouvoir suivre cet enseignement – Maximum 2 lignes).
Biologie végétale, biologie cellulaire, génétique.
Contenu de la matière :
fondements de la culture in vitro et multiplications des plantes,
phénomènes physiologiques liés à la réalisation de culture in vitro,
besoins nutritifs des tissus et cellule cultivés en conditions aseptiques,
technologie de la culture in vitro.
aspect génétique : conformité du matériel reproduit in vitro
Travaux pratiques : Réalisation d’une culture in vitro : culture de méristèmes, culture
d’anthères et d’ovules
Travaux dirigées : Recherche bibliographique sur les semences biotechnologiques
Travail personnel : Recherche bibliographique d’articles scientifiques qui traitent les
transferts de la fertilité male entre les différentes lignées des plantes et aussi sur la
culture in vitro.
Mode d’évaluation : Contrôle continu, examen final
Références (Livres et polycopiés, sites internent, etc.).
Rosell, C.H., (ed.), Villalobos Arambula, V.M., (ed.) – 1992 – Fondements théoriques et
pratiques de la culture des tissus végétaux 163 pages
Roger Jean Gautheret – 1945 Une voie nouvelle en biologie végétale, la culture des
tissus 202 pages
Roger Prat – 2007 -Expérimentation en biologie et physiologie végétales 320 pages
Dominique de Vienne1998 – Les marqueurs moléculaires en génétique et
biotechnologies végétales
Unité d’enseignement Fondamentale 1 (UEF 3.2.2)
Matière 2 : Ecotoxicologie végétale
Crédits : 4
Coefficient : 2
Objectifs de l’enseignement (Décrire ce que l’étudiant est censé avoir acquis comme
compétences après le succès à cette matière – maximum 3 lignes).
Cette matière permet aux étudiants de connaître la notion de phytotoxicite et les effets
des substances toxiques notamment les pesticides chimiques sur les végétaux et
l’environnement.
Connaissances préalables recommandées (descriptif succinct des connaissances
requises pour pouvoir suivre cet enseignement – Maximum 2 lignes).
Connaissances en physiologie et biologie végétales, toxicologie, écologie et
environnement
Contenu de la matière :
Introduction
I : La toxicité
Définition
Mode de pénétration des substances toxiques
Mode d’action d’une substance toxique
Phases d’action d’une substance toxique
Evaluation de la toxicité
Analyse des résidus
II-Les principales substances toxiques et leurs effets sur les végétaux
Pesticides
Métaux lourds contaminant des sols et des eaux terrestres
Absorption, Accumulation, mécanismes d’action, Effets sur des paramètres
spécifiques aux plantes (la photosynthèse, la croissance et le métabolisme central, etc.).
III- Stratégies adaptatives (détoxication, défense, sensibilité, résistance) mises en
place par les organismes végétaux en réponse à ces substances
IV-Le phénomène de stress et des réactions de protection ; les contaminants
organiques (“xénobiotiques”), leur absorption et les effets biochimiques et
physiologiques ; les gaz toxiques (l’ozone, les oxydes d’azote et du soufre, le
peroxyacétylnitrate, le “smog” chimique en général) ;
V-Les raisons putatives pour le dépérissement des forêts ; le trou d’ozone et
l’échauffement terrestre – conséquences possibles pour les écosystèmes végétaux…
Mode d’évaluation :
Contrôle continu et Examen semestriel
Références (Livres et polycopiés, sites internet, etc) :
Unité d’enseignement Méthodologique (UEM1)
Matière 1 : Méthodologie de l’amélioration des végétaux

Crédits : 4
Coefficient : 2
Objectifs de l’enseignement (Décrire ce que l’étudiant est censé avoir acquis comme
compétences après le succès à cette matière – maximum 3 lignes). Techniques et
méthodes de l’amélioration génétique des plantes.
Connaissances préalables recommandées (descriptif succinct des connaissances
requises pour pouvoir suivre cet enseignement – Maximum 2 lignes).
Génétique, biologie de la reproduction végétale.
Contenu de la matière.

bases de l’amélioration génétique végétale.
stratégies de sélection et création de variétés (lignés pures, population, hybrides).
Les stratégies de sélection et de création variétales
amélioration pour des objectifs spécifiques (abiotiques, biotiques)
sélection et amélioration assistées par marqueurs moléculaires.
Travaux pratiques : Etablir des croisements entre les lignées
Travaux dirigés : Etude des exemples de régénération des plantes ;
Travail personnel : Recherche bibliographique d’articles scientifiques qui traitent les
créations des variétés en amélioration des plantes
Travail personnel
Mode d’évaluation : contrôles de connaissances et contrôles continus
Références (Livres et polycopiés, sites internet, etc) :
Beaudry, J.R. 1985. Génétique générale [texte imprimé] / J.R. Beaudry. – Paris :
Maloine, 1985. – 501 p. : fig. ; 23 cm. Index p. 479-497 Bibliogr. p. 499-501. – ISBN
576.5/28, 576.5/28.2
Binder, Eugène, 1972. La génétique des populations [texte imprimé] / Eugène
Binder. –
3e éd. – Paris : PUF., 1972. – 126 p. : fig., graph; 18 cm. – (Que sais-je ? / Anne-Laure
Angoulvent). Index p. 125 Bibliogr. p. 126. 576.5/21
3-Futuyma D. J. 1998. Evolutionary biology. 3d Ed. Sinauer Associates, Inc.
Massachussetts.763p.
4-Claire Doré, Fabrice Varoquaux 2006. Histoire et amélioration de cinquante plantes
cultivées Editions Quae, – 840 pages.
Unité d’enseignement Méthodologique (UEM 1)
Matière 2 : Biostatistiques
Nombre de crédits : 04
Coefficient de la Matière : 02
Objectifs de l’enseignement :
Le principal objectif de cette matière est de présenter les principaux outils statistiques
utilisés.
Connaissances préalables recommandées : Mathématiques, informatique.
Contenu de la matière :

Rappel des principales lois de probabilité : loi normale, t, F, Khi deux
Représentations graphiques, histogramme, diagramme
Tests classiques paramétriques et non paramétriques:
Tests de conformité
Comparaison de moyennes
Test d’indépendance
Comparaison de distribution
Régression linéaire simple et multiple, changement de variables
Analyse de variance à un et deux facteurs
Rudiments d’analyses factorielles : AFC, ACP, CAH
La cladistique.
Travaux dirigés : Initiation sur l’utilisation du software exel et généralités sur les
interfaces de l’application, application de formule de calcul. Exploitation d’un jeu de
donné vers les indices biologiques
Travail personnel : Exploitation des résultats expérimentaux à partir des mémoires et
application personnel des formules par des étudiants sur leur pc en utilisant le logiciel
Mode d’évaluation : contrôles de connaissances et contrôles continus
Références (Livres et polycopiés, sites internet, etc) :

Dagnélie P.1974 : Théorie et méthodes statistiques. Tome 1 et Tome 2.
Scherer B. 1984 : Biostatistique.
Bekdouche F. 2008. Cours de biostatistique. (Polycopié)
Unité d’enseignement Transversale (UET)
Matière 1 : Communication scientifique
Crédit : 2
Coefficient : 1
Objectifs de l’enseignement : Initiation aux principes et techniques de rédaction
scientifique, entraînement à la rédaction scientifique en français et à la présentation
conceptuelle et formelle d’un mémoire.
Connaissances préalables recommandées : Un minimum de connaissance en langue,
méthodes de rédaction et présentation (exposé, compte rendu, etc.)

Contenu de la matière
Partie I : Méthodes de recherche bibliographique.
Partie II : les différents types de documents universitaires (thèse, mémoire, etc.)
Partie II : Méthodes de rédaction scientifique.
Partie III : Rédiger un article scientifique
Travaux dirigés : Préparation des diapositifs contenant divers thèmes scientifiques
et exposition entre les collègues
Travail personnel : Recherche bibliographique sur les méthodes de communication
Mode d’évaluation : C. Continu + Examen Final
Références (Livres et polycopiés, sites internet, etc.).
1- Joseph E. Harmon & Alan G. Gross. 2010. The craft of scientific communication.
University Of Chicago Press. 240 pages.
2- Lorraine Blaxter, Christina Hughes & Malcolm Tight. 2006. How to Research.
Open University Press. 2nd Ed. 286 pages.
3- Bjorn Gustavii. 2008. How to Write and Illustrate a Scientific Paper. Cambridge
University Press; 2nd Ed. 178 pages.
4- Jean-Luc Lebrun. 2007. Guide pratique de rédaction scientifique : Comment
écrire pour le lecteur scientifique international. EDP Sciences. 193 pages.
5- Pierre Mongeau. 2008. Réaliser son mémoire et sa thèse : Côtés Jeans et Côté
Tenue de soirée. Presses de l’Université du Québec. 145 pages.